利用微生物發酵制得的食品稱為發酵食品，傳統發酵食品種類繁多。微生物的重要功能之一就是通過發酵產生風味物質，賦予發酵食品風味多元的特點。
發酵可以改善食物質地、風味與營養價值，增加食物的穩定性。中華民族的祖先在與大自然的鬥爭中，知曉了食物發酵的方法，掌握了醃制與燒臘食品的方法。
中國醬醃、鹽漬、糖漬的食品種類繁多，如火腿、臘肉、香腸、燒臘、醃魚、醃菜、泡菜、漬菜等。
許多國家都有特色發酵食品，如中國的醬油和腐乳，日本的納豆和清酒，韓國的泡菜，意大利的撒拉米香腸，高加索地區的開菲爾奶，土耳其的塔哈納（用酸奶、麵粉、酵母、蔬菜、香草等發酵製成的湯料），非洲的木薯粉，以及麵包、奶酪和酸奶等。
東方發酵食品以固態發酵居多：如風乾腸，醬油，腐乳和豆豉；發酵醃制的酸菜，日本的納豆和印尼的丹貝等。
西方發酵食品多是液態自然發酵或純菌種發酵，如保加利亞酸奶就是純種乳酸菌發酵而成；開菲爾乳則是以含乳酸菌、酵母菌等有益菌的開菲爾粒發酵而成。歐洲的撒拉米香腸、德國圖林根香腸和黎巴嫩腸等，都是固態自然發酵的食品。
非洲傳統發酵食品，如南非的 MAGE、加納的KENKEY、坦桑尼亞 TOGWA 等，都是多菌種固態自然發酵的食品。
2005年，德國國家營養與食品研究中心的首席科學家，就是出生在南非的、從事發酵食品研究的專家。看來，我們中國也應該加強對傳統發酵食品的研究與開發，讓普通的泡菜、腐乳、醬油也能夠成為影響世界的大產業。
